紫花苜蓿(Medicago sativa L.)是全球最重要的牧草作物,在植物界近40万个物种中,紫花苜蓿在单位面积、相同时间内的粗蛋白产量最高。因其品质好、产量高、适口性和消化率高、多年生、固氮能力强等特性,被誉为牧草之王(King of Fodders)。近年来,随着高通量测序技术的发展,紫花苜蓿相关的多维组学数据不断积累,整合并储存这些信息对于加快紫花苜蓿的基因功能研究和挖掘紫花苜蓿重要性状的潜在机制意义重大。但是,目前国内外还没有一个系统的紫花苜蓿多组学数据整合和在线分析平台,这严重阻碍了紫花苜蓿耐逆高品等重要性状的候选基因挖掘以及分子设计育种。
2024年1月,Horticulture Research在线发表了304am永利集团草种创新与草地农业生态学全国重点实验室、304am永利集团刘志鹏教授团队题为MODMS:a multi-omics database for facilitating biological studies in alfalfa (Medicago sativa L.)的研究论文。
研究人员开发了一个免费、易操作、数据全面,功能多样、以紫花苜蓿为对象的多组学数据库平台(MODMS)。MODMS包含多个先前发布的紫花苜蓿参考基因组及其注释信息、高质量基因组变异分布信息(可通过基因查询单个基因SNPs、SVs和Indels)、转录组、蛋白质组和代谢组数据在线分析,可以帮助用户从多个层面构建基因调控网络。MODMS还集成了基因编辑gRNA设计工具,便于编辑技术在紫花苜蓿功能研究中的应用。MODMS是迄今为止最全面的紫花苜蓿多组学数据库,也是目前全球最大的豆科牧草多组学数据库。
304am永利集团方龙发青年研究员为该论文的第一作者,刘志鹏教授为通讯作者。该研究得到了国家重点研发(2022YFF1003200)和自然科学基金项目(32201463和32201444)的资助。
文章链接:https://doi.org/10.1093/hr/uhad245,MODMS网站链接:https://modms.lzu.edu.cn/ 。该在线分析平台的构建和使用,有望为国内外紫花苜蓿分子育种研究人员提供便利服务。